VISI

• Memastikan tumbuhan, binatang, karkas, ikan, keluaran pertanian, tanih, mikrooganisma dan makanan yang diimport ke dalam dan dieksport ke luar Malaysia sentiasa selamat, bebas perosak, penyakit, bahan cemar dan berkualiti untuk dimakan.

MISI

• MAQIS berazam untuk menjadi Jabatan utama dalam perkhidmatan kuarantin,  pemeriksaan dan penguatkuasaan bagi memastikan tumbuhan, binatang, karkas, ikan, keluaran pertanian, tanih, mikrooganisma dan makanan yang diimport dan dieksport bebas daripada ancaman perosak, penyakit, bahan cemar dan tidak menjejaskan sektor pertanian Negara serta mematuhi aspek kesihatan manusia, binatang, tumbuhan, ikan dan keselamatan makanan.