MAQIS juga akan menjalankan tatacara kuarantin iaitu pengujian, perawatan atau pelupusan apa-apa  tumbuhan, haiwan, karkas, ikan, keluaran pertanian, tanih, mikroorganisma  atau apa-apa benda lain yang berkaitan sebagaimana yang ditentukan oleh Ketua Pengarah Kuarantin dan Pemeriksaan.